《幽灵杀手》是一部以生活压力大的女大学生文香为主角的作品。 有一天，文香在回家的路上捡到了一颗子弹，被杀手的鬼魂工藤附身。 据说被人杀死的工藤无法成佛。 当两人意识到当工藤继续前进时，他们的力量也会随之而来，他们开始为工藤报仇。

六年前，拥有绝世本领的焰众忍者虎影（斋藤工 饰）与月影（芳贺优里亚 饰）坠入爱河，后者更怀上了虎影的孩子。然而焰众首领东云幻斋（椎名英姬 饰）绝不允许手下有这种叛逆之举，于是对二人进行严刑拷打。在遭受了残酷的折磨后，虎影夫妇一路逃亡，最终在某个偏远山村落脚，和他们的儿子孤月过着与世无争的平凡生活。这

日本战国时期，分属不同大名的忍者集团也在暗处进行着角力。在一个月朗星稀的夜晚，伊贺忍者耶麻汰（三元雅芸 饰）、阵内（柏原收史 饰）、老鼠等人执行刺探任务时意外与对手相碰，期间天空中忽然飘过一个巨大的火球，令众人颇感意外。耶麻汰等回到村中后，在首领的指示下又去森林中探查火球的真相。途中他们邂逅同属一派