“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器

故事爆发在二十一生纪末，彼时，邪术早就仍旧不复仅存与传奇和传闻之中，而是同科学与超本领融洽，变成了人尽皆知的生存。国度以至创造了邪术大学隶属第一高等院校，特意培植此上面的人才，再不更好的为国度功效。 　　司波达也（中村悠一 配音）和妹妹司波深雪（早见沙织 配音）是邪术高等院校的鼎盛，深雪是本领特出

“不会捡到‘这样的东西’……。” 　　虽然变身成魔法少女，却对于变身后的装束泳装无论如何都没法习惯的柚华。 　　究竟柚华接受魔法少女的那一天会不会到来呢！？

绵亘十年的文革动乱，改变了无数人的命运。相应领导人号召上山下乡的知识青年们，历经磨难总算等到返城的那一天，但是美丽的陈涵秋（刘威葳 饰）却经历着人生中最为苦难的时刻。涵秋出身知识分子家庭，父亲不忍受辱“畏罪自杀”，她则因黑五类的身份在乡下备受歧视。在此关头，她怀孕的消息引来无数的争议，而一直爱恋他的

高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。 　　而这个魔法少女手

就读穗群原学园的普通女生伊莉雅，在某天遇到了自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖，并强制地被缔结契约，成为了魔法少女伊莉雅。此时已是红宝石之星持有人的她，也变成了万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的奴隶，在其的命令之下，被迫帮忙回收职阶卡片。有一天遇到了从凛手上逃出来的万花筒之杖，并被强制变成魔法少女

平凡的少女叶波柚香，某天在回家的路上看见了一只神秘生物「米咚」，并被告知自己具有魔法少女的素质。柚香心中虽然有些犹豫，但还是决定接受腕轮，成为一名魔法少女。没想到变身的服装居然是泳装！？米咚更是不时对她作出性骚扰行为的欠扁生物……一场没有敌人的奇妙生活就此展开！

平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类

这是一个人人都可以成为魔法使的世界，只要办理了相关的手续，每个人都可以合法的使用魔法，让生活更加便捷。但是，魔法使分为见习和正式两类，见习魔法使唯有遵循魔法守则，好好修炼，多多利用魔法帮助他人，才有机会转正。我们的主角，天正可爱的少女菊池梦（宫崎葵 配音）就是这样一位善良的见习魔法使。 　　为了接受

在经历了第一季的平淡无奇，第二季的翻天复地后，动画版《魔法先生》第三季终于开学了！第三季全名为《魔法先生 涅吉！～白翼 ALA ALBA～》（魔法先生ネギま！～白き翼 ALA ALBA～），这次涅吉终于带领这帮问题学生平安过渡到初三。目前在第三季官方网站上公布了本作的Staff以及故事梗概等情报。