由于环境严重的污染，使得蝌蚪受到突变而成为黑多拉，并且造成极大的破坏，人类几乎束手无策，而哥吉拉也费尽了极大的心思跟他战斗，最后人类与哥斯拉一同战胜了黑多拉。

昭和38年，明石组系与神和会系两派发动的广岛战争愈演愈烈，期间不断有无辜市民遇害。受舆论和民众的巨大压力，警方动员所有力量，发动名为“顶上作战”的打击黑势力的行动。 　　广能昌三（菅原文太 饰）为壮大实力，说服中立派义西会会长冈岛友次（小池朝雄 饰）加入明石一派。同时，广能组干部河西清（八名信夫 饰

堂山和下妻两家老大剑拔弩张，蒙在鼓里的座头市（胜新太郎 饰）被堂山请去助拳，半路斩杀了前来挑衅的下妻家三武士。失去引路人的阿市独自上路，期间营救了遭武士欺侮追杀的江户鸣海屋的小姐美津（藤村志保 饰）。受女孩死去的爷爷所托，阿市决定护送美津返回江户。谁知三武士之一的妻子阿久（藤原礼子 饰）衔恨座头市，