花园花铃（中原麻衣 配音）拥有着悲惨的身世，在她尚且没有记忆的时候，父母就过世了。之后，叔母收留了无处可去的花铃。花铃虽然个性善良而又温柔，脑袋却有些笨笨的，无论是成绩也好运动也好人际交往也好，她都慢别人一步，因此常常遭到叔母的责骂。花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。 　

故事以惟有女本能运用的寰球最強武器「Infinite Stratos（IS）」為重心，在女尊男卑的寰球中，角儿「織斑一夏」雖然身為女生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培养 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上独一能夠运用 IS 的女性」感触興趣，就此展開

距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只