他们拥有梦想。　　总有一天，飞向广阔天空的梦想。　　知晓被玻璃遮盖的这片天空有多么遥远。　　遥远的未来。　　人类在荒废的大地上建设了移动要塞都市“种植园”，并讴歌着文明。　　在那当中建造的驾驶员居住设施“米斯特汀”，通称“鸟笼”。　　孩子们就住在那里。　　对外面的世界一无所知。　　对自由的天空一无所

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。