日本和歌山纪伊半岛。在本州岛最南端的一个港口小镇，一名高中生，也是“Fukuro餐厅”的独生女Sora Hirami与她的父亲Taichi独自生活。 Sora小的时候，她的母亲Ai为了她的梦想离开了欧洲。被遗弃的太一和空处理被遗弃的痛苦。空努力理解母亲的意图并应对空虚。在学校，空感到格格不入，找不到

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但