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某年的圣诞夜，大批民众聚集到某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络以及相关电子系统遭到入侵而全面失灵，随后更有维持治安的警察掏枪射击抗议民众。值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行

这是一段攻壳灵活队创造前夜鲜为人知而又感化深刻的故事。2027年6月6日的一天，从属海军神秘队伍501构造的真室中佐（宫内敦士 配音）在闹市陌头被人残害，此前他曾堕入武器交易的行贿丑闻不得脱身，他对牺牲背地天然湮没着多数谜团。阴暗之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）与生物化

2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆